# data_comp_list loop_ _chem_comp.id _chem_comp.three_letter_code _chem_comp.name _chem_comp.group _chem_comp.number_atoms_all _chem_comp.number_atoms_nh _chem_comp.desc_level Ur U 'Uridine ' RNA 30 20 . # data_comp_Ur # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.type_energy _chem_comp_atom.partial_charge Ur P P P 0.714 Ur O1P O OP -0.340 Ur O2P O OP -0.340 Ur O5* O OC2 -0.267 Ur C5* C CH2 0.066 Ur H5*1 H HCH2 0.005 Ur H5*2 H HCH2 0.005 Ur C4* C CH1 0.084 Ur H4* H HCH1 0.010 Ur O4* O O2 -0.193 Ur C1* C CH1 0.245 Ur H1* H HCH1 0.005 Ur N1 N NR6 -0.283 Ur C2 C CR6 0.448 Ur O2 O O -0.247 Ur N3 N NR16 -0.379 Ur H3 H HNR6 0.173 Ur C4 C CR6 0.286 Ur O4 O O -0.197 Ur C5 C CR16 -0.122 Ur H5 H HCR6 0.020 Ur C6 C CR16 0.168 Ur H6 H HCR6 0.020 Ur C2* C CH1 -0.043 Ur H2* H HCH1 0.010 Ur O2* O OH1 -0.256 Ur HO2* H HOH1 0.010 Ur C3* C CH1 0.081 Ur H3* H HCH1 0.005 Ur O3* O OC2 -0.267 loop_ _chem_comp_tree.comp_id _chem_comp_tree.atom_id _chem_comp_tree.atom_back _chem_comp_tree.atom_forward _chem_comp_tree.connect_type Ur P n/a O5* START Ur O1P P . . Ur O2P P . . Ur O5* P C5* . Ur C5* O5* C4* . Ur H5*1 C5* . . Ur H5*2 C5* . . Ur C4* C5* C3* . Ur H4* C4* . . Ur O4* C4* C1* . Ur C1* O4* C2* . Ur H1* C1* . . Ur N1 C1* C2 . Ur C2 N1 N3 . Ur O2 C2 . . Ur N3 C2 C4 . Ur H3 N3 . . Ur C4 N3 C5 . Ur O4 C4 . . Ur C5 C4 C6 . Ur H5 C5 . . Ur C6 C5 H6 . Ur H6 C6 . . Ur C2* C1* O2* . Ur H2* C2* . . Ur O2* C2* HO2* . Ur HO2* O2* . . Ur C3* C4* O3* . Ur H3* C3* . . Ur O3* C3* . END Ur C2* C3* . ADD Ur C6 N1 . ADD loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.type _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd Ur P O5* coval 1.600 0.020 Ur P O1P coval 1.480 0.020 Ur P O2P coval 1.480 0.020 Ur C1* C2* coval 1.525 0.020 Ur C2* C3* coval 1.525 0.020 Ur C3* C4* coval 1.523 0.020 Ur C3* O3* coval 1.422 0.030 Ur C4* C5* coval 1.518 0.020 Ur C4* O4* coval 1.450 0.020 Ur O4* C1* coval 1.414 0.020 Ur C5* O5* coval 1.423 0.030 Ur C2* O2* coval 1.414 0.020 Ur C5* H5*1 coval 0.980 0.020 Ur C5* H5*2 coval 0.980 0.020 Ur C4* H4* coval 0.980 0.020 Ur C1* H1* coval 0.980 0.020 Ur C2* H2* coval 0.980 0.020 Ur O2* HO2* coval 0.980 0.020 Ur C3* H3* coval 0.980 0.020 Ur N1 C2 coval 1.379 0.020 Ur C2 N3 coval 1.373 0.020 Ur N3 C4 coval 1.383 0.020 Ur C4 C5 coval 1.440 0.020 Ur C5 C6 coval 1.338 0.020 Ur C6 N1 coval 1.380 0.020 Ur C2 O2 coval 1.218 0.020 Ur C4 O4 coval 1.227 0.020 Ur N1 C1* coval 1.490 0.030 Ur N3 H3 coval 0.980 0.020 Ur C5 H5 coval 0.980 0.020 Ur C6 H6 coval 0.980 0.020 loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd Ur C6 N1 C2 121.300 3.000 Ur C1* N1 C2 119.350 3.000 Ur C1* N1 C6 119.350 3.000 Ur N1 C2 N3 114.800 3.000 Ur C2 N3 C4 127.000 3.000 Ur N3 C4 C5 114.800 3.000 Ur C4 C5 C6 119.200 3.000 Ur C5 C6 N1 122.800 3.000 Ur N1 C2 O2 123.200 3.000 Ur N3 C2 O2 122.000 3.000 Ur N3 C4 O4 119.800 3.000 Ur C5 C4 O4 125.400 3.000 Ur N1 C1* O4* 108.400 3.000 Ur N1 C1* C2* 113.500 3.000 Ur C2 N3 H3 116.500 3.000 Ur C4 N3 H3 116.500 3.000 Ur C4 C5 H5 121.200 3.000 Ur C6 C5 H5 121.200 3.000 Ur C5 C6 H6 118.600 3.000 Ur N1 C6 H6 118.600 3.000 Ur O4* C1* C2* 106.400 3.000 Ur C1* C2* C3* 101.600 3.000 Ur C2* C3* C4* 102.400 3.000 Ur C2* C3* O3* 111.500 3.000 Ur O3* C3* C4* 110.000 3.000 Ur C3* C4* C5* 114.900 3.000 Ur C3* C4* O4* 105.400 3.000 Ur O4* C4* C5* 109.400 3.000 Ur C4* O4* C1* 109.700 3.000 Ur C4* C5* O5* 110.800 3.000 Ur C5* O5* P 120.000 3.000 Ur O5* P O1P 109.000 3.000 Ur O1P P O2P 120.000 3.000 Ur O5* P O2P 108.000 3.000 Ur C1* C2* O2* 110.200 3.000 Ur O2* C2* C3* 112.400 3.000 Ur O5* C5* H5*1 109.000 3.000 Ur O5* C5* H5*2 109.000 3.000 Ur C4* C5* H5*1 109.000 3.000 Ur C4* C5* H5*2 109.000 3.000 Ur H5*1 C5* H5*2 109.000 3.000 Ur C5* C4* H4* 109.000 3.000 Ur O4* C4* H4* 109.000 3.000 Ur C3* C4* H4* 109.000 3.000 Ur O4* C1* H1* 109.000 3.000 Ur C2* C1* H1* 109.000 3.000 Ur N1 C1* H1* 109.000 3.000 Ur C1* C2* H2* 109.000 3.000 Ur O2* C2* H2* 109.000 3.000 Ur C2* O2* HO2* 109.000 3.000 Ur C4* C3* H3* 109.000 3.000 Ur C3* C2* H2* 109.000 3.000 Ur C2* C3* H3* 109.000 3.000 Ur O3* C3* H3* 109.000 3.000 loop_ _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 _chem_comp_tor.value_angle _chem_comp_tor.value_angle_esd _chem_comp_tor.period Ur beta P O5* C5* C4* 170.000 25.000 3 Ur gamma O5* C5* C4* C3* 55.000 20.000 3 Ur delta C5* C4* C3* O3* 88.000 30.000 3 Ur nu0 C4* O4* C1* C2* 13.000 40.000 3 Ur nu1 O4* C1* C2* C3* -33.000 40.000 3 Ur nu4 C5* C4* O4* C1* 137.000 40.000 3 Ur chi O4* C1* N1 C2 30.000 40.000 2 Ur CONST_01 C1* N1 C2 N3 180.000 0.000 0 Ur CONST_02 N1 C2 N3 C4 0.000 0.000 0 Ur CONST_03 C2 N3 C4 C5 0.000 0.000 0 Ur CONST_04 N3 C4 C5 C6 0.000 0.000 0 Ur CONST_05 C4 C5 C6 N1 0.000 0.000 0 Ur hh1 C1* C2* O2* HO2* 0.000 40.000 2 Ur dih_1 C1* C2* C3* C4* 37.053 10.000 1 Ur dih_2 C5* C4* C3* C2* -155.590 10.000 1 Ur dih_3 C1* O4* C4* C5* 144.260 10.000 1 loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id_centre _chem_comp_chir.atom_id_1 _chem_comp_chir.atom_id_2 _chem_comp_chir.atom_id_3 _chem_comp_chir.volume_sign Ur chir_01 C3* C2* O3* C4* positiv Ur chir_02 C4* C3* O4* C5* positiv Ur chir_03 C1* N1 O4* C2* positiv Ur chir_04 C2* C1* O2* C3* positiv loop_ _chem_comp_plane_atom.comp_id _chem_comp_plane_atom.plane_id _chem_comp_plane_atom.atom_id _chem_comp_plane_atom.dist_esd Ur plan N1 0.020 Ur plan C2 0.020 Ur plan O2 0.020 Ur plan N3 0.020 Ur plan C4 0.020 Ur plan O4 0.020 Ur plan C5 0.020 Ur plan C6 0.020 Ur plan C1* 0.020