# data_comp_list loop_ _chem_comp.id _chem_comp.three_letter_code _chem_comp.name _chem_comp.group _chem_comp.number_atoms_all _chem_comp.number_atoms_nh _chem_comp.desc_level TTP . '2*-deoxy-thymidine-5*-tryphosphate ' non-polymer 31 29 . # data_comp_TTP # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.type_energy _chem_comp_atom.partial_charge TTP C5M C C 0.000 TTP C5 C CR6 0.000 TTP C6 C CR16 0.000 TTP H6 H HCR6 0.000 TTP C4 C CR6 0.000 TTP O4 O O 0.000 TTP N3 N NR16 0.000 TTP HN3 H HNR6 0.000 TTP C2 C CR6 0.000 TTP O2 O O 0.000 TTP N1 N NR6 0.000 TTP C1* C C 0.000 TTP C2* C C 0.000 TTP C3* C C 0.000 TTP O3* O O 0.000 TTP O4* O O2 0.000 TTP C4* C C 0.000 TTP C5* C C 0.000 TTP O5* O O2 0.000 TTP PA P P 0.000 TTP O1A O OP 0.000 TTP O2A O OP 0.000 TTP O3A O O2 0.000 TTP PB P P 0.000 TTP O1B O OP 0.000 TTP O2B O OP 0.000 TTP O3B O O2 0.000 TTP PG P P 0.000 TTP O1G O OP 0.000 TTP O2G O OP 0.000 TTP O3G O OP 0.000 loop_ _chem_comp_tree.comp_id _chem_comp_tree.atom_id _chem_comp_tree.atom_back _chem_comp_tree.atom_forward _chem_comp_tree.connect_type TTP C5M n/a C5 START TTP C5 C5M C4 . TTP C6 C5 H6 . TTP H6 C6 . . TTP C4 C5 N3 . TTP O4 C4 . . TTP N3 C4 C2 . TTP HN3 N3 . . TTP C2 N3 N1 . TTP O2 C2 . . TTP N1 C2 C1* . TTP C1* N1 O4* . TTP C2* C1* C3* . TTP C3* C2* O3* . TTP O3* C3* . . TTP O4* C1* C4* . TTP C4* O4* C5* . TTP C5* C4* O5* . TTP O5* C5* PA . TTP PA O5* O3A . TTP O1A PA . . TTP O2A PA . . TTP O3A PA PB . TTP PB O3A O3B . TTP O1B PB . . TTP O2B PB . . TTP O3B PB PG . TTP PG O3B O3G . TTP O1G PG . . TTP O2G PG . . TTP O3G PG . END TTP C4* C3* . ADD TTP N1 C6 . ADD loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.type _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd TTP C5 C5M coval 1.500 0.020 TTP C6 C5 coval 1.390 0.020 TTP H6 C6 coval 1.090 0.020 TTP C4 C5 coval 1.390 0.020 TTP O4 C4 coval 1.230 0.020 TTP N3 C4 coval 1.380 0.020 TTP HN3 N3 coval 1.040 0.020 TTP C2 N3 coval 1.380 0.020 TTP O2 C2 coval 1.230 0.020 TTP N1 C2 coval 1.380 0.020 TTP N1 C6 coval 1.365 0.020 TTP C1* N1 coval 1.345 0.020 TTP C2* C1* coval 1.390 0.020 TTP C3* C2* coval 1.390 0.020 TTP O3* C3* coval 1.410 0.020 TTP O4* C1* coval 1.410 0.020 TTP C4* O4* coval 1.410 0.020 TTP C4* C3* coval 1.390 0.020 TTP C5* C4* coval 1.390 0.020 TTP O5* C5* coval 1.410 0.020 TTP PA O5* coval 1.610 0.020 TTP O1A PA coval 1.480 0.020 TTP O2A PA coval 1.480 0.020 TTP O3A PA coval 1.610 0.020 TTP PB O3A coval 1.610 0.020 TTP O1B PB coval 1.480 0.020 TTP O2B PB coval 1.480 0.020 TTP O3B PB coval 1.610 0.020 TTP PG O3B coval 1.610 0.020 TTP O1G PG coval 1.480 0.020 TTP O2G PG coval 1.480 0.020 TTP O3G PG coval 1.480 0.020 loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd TTP C5M C5 C6 120.000 3.000 TTP C5M C5 C4 120.000 3.000 TTP C6 C5 C4 120.000 3.000 TTP C5 C6 H6 120.000 3.000 TTP C5 C6 N1 120.000 3.000 TTP H6 C6 N1 120.000 3.000 TTP C5 C4 O4 120.000 3.000 TTP C5 C4 N3 120.000 3.000 TTP O4 C4 N3 120.000 3.000 TTP C4 N3 HN3 120.000 3.000 TTP C4 N3 C2 120.000 3.000 TTP HN3 N3 C2 120.000 3.000 TTP N3 C2 O2 120.000 3.000 TTP N3 C2 N1 120.000 3.000 TTP O2 C2 N1 120.000 3.000 TTP C2 N1 C1* 120.000 3.000 TTP C2 N1 C6 120.000 3.000 TTP C1* N1 C6 120.000 3.000 TTP N1 C1* C2* 109.000 3.000 TTP N1 C1* O4* 109.000 3.000 TTP C2* C1* O4* 109.000 3.000 TTP C1* C2* C3* 109.000 3.000 TTP C2* C3* O3* 109.500 3.000 TTP C2* C3* C4* 109.000 3.000 TTP O3* C3* C4* 109.500 3.000 TTP C1* O4* C4* 111.000 3.000 TTP O4* C4* C5* 109.000 3.000 TTP O4* C4* C3* 109.000 3.000 TTP C5* C4* C3* 109.000 3.000 TTP C4* C5* O5* 116.000 3.000 TTP C5* O5* PA 111.000 3.000 TTP O5* PA O1A 108.200 3.000 TTP O5* PA O2A 108.200 3.000 TTP O5* PA O3A 102.600 3.000 TTP O1A PA O2A 119.900 3.000 TTP O1A PA O3A 108.200 3.000 TTP O2A PA O3A 108.200 3.000 TTP PA O3A PB 120.500 3.000 TTP O3A PB O1B 108.200 3.000 TTP O3A PB O2B 108.200 3.000 TTP O3A PB O3B 102.600 3.000 TTP O1B PB O2B 119.900 3.000 TTP O1B PB O3B 108.200 3.000 TTP O2B PB O3B 108.200 3.000 TTP PB O3B PG 120.500 3.000 TTP O3B PG O1G 108.200 3.000 TTP O3B PG O2G 108.200 3.000 TTP O3B PG O3G 108.200 3.000 TTP O1G PG O2G 110.900 3.000 TTP O1G PG O3G 110.900 3.000 TTP O2G PG O3G 110.900 3.000 loop_ _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 _chem_comp_tor.value_angle _chem_comp_tor.value_angle_esd _chem_comp_tor.period TTP CONST_1 C5M C5 C6 N1 180.000 0.000 0 TTP CONST_2 C5M C5 C4 N3 180.000 0.000 0 TTP CONST_3 C5 C4 N3 C2 0.000 0.000 0 TTP CONST_4 C4 N3 C2 N1 0.000 0.000 0 TTP CONST_5 N3 C2 N1 C1* 180.000 0.000 0 TTP CONST_6 N3 C2 N1 C6 0.000 0.000 0 TTP var_1 C2 N1 C1* O4* -136.152 20.000 1 TTP var_2 N1 C1* C2* C3* 133.137 20.000 1 TTP var_3 C1* C2* C3* O3* 122.784 20.000 1 TTP var_4 C1* C2* C3* C4* 4.587 20.000 1 TTP var_5 N1 C1* O4* C4* -136.292 20.000 1 TTP var_6 C1* O4* C4* C5* 126.815 20.000 1 TTP var_7 C1* O4* C4* C3* -0.259 20.000 1 TTP var_8 O4* C4* C5* O5* -86.420 20.000 1 TTP var_9 C4* C5* O5* PA 138.031 20.000 1 TTP var_10 C5* O5* PA O3A 64.471 20.000 1 TTP var_11 O5* PA O3A PB -151.240 20.000 1 TTP var_12 PA O3A PB O3B 82.584 20.000 1 TTP var_13 O3A PB O3B PG -157.983 20.000 1 TTP var_14 PB O3B PG O3G -14.056 20.000 1 loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id_centre _chem_comp_chir.atom_id_1 _chem_comp_chir.atom_id_2 _chem_comp_chir.atom_id_3 _chem_comp_chir.volume_sign TTP chir_01 C4* C5* O4* C3* negativ TTP chir_02 C3* C4* O3* C2* negativ TTP chir_03 C1* O4* C2* N1 positiv loop_ _chem_comp_plane_atom.comp_id _chem_comp_plane_atom.plane_id _chem_comp_plane_atom.atom_id _chem_comp_plane_atom.dist_esd TTP plan-1 N1 0.020 TTP plan-1 C1* 0.020 TTP plan-1 C2 0.020 TTP plan-1 C6 0.020 TTP plan-1 N3 0.020 TTP plan-1 C4 0.020 TTP plan-1 C5 0.020 TTP plan-1 C5M 0.020 TTP plan-1 O2 0.020